一、内设机构
（一）办公室
（二）组织部（机关党委）
（三）宣传教育部
（四）研究室（社会联络部）
（五）基层工作部
（六）权益保障部
（七）经济技术劳动保护部（自治区职工技术协会办公室）
（八）法律工作部
（九）女职工部（自治区总工会女职工委员会办公室）
（十）财务部
（十一）经费审查委员会办公室
（十二）自治区教育工会
（十三）自治区直属企业工会联合会
国际联络部
（十五）资产监督管理部
（十六）纺织服装产业工会
（十七）老干部处
二、所属事业单位
新疆维吾尔自治区劳动关系学校
新疆维吾尔自治区工人疗养院
工人时报社
新疆维吾尔自治区总工会机关服务中心